За нов председател на комисията е избран Ванчо Георгиев, преподавател в Историческия факултет на университета „Св. Кирил и Методий“ в Скопие. Георгиев е бил член на комисията, но през 2021 г. се оттегли с обяснението, че върху работата ѝ се упражнява политически натиск. По това време правителството на Северна Македония категорично отрече да е оказвало какъвто и да е вид намеса или влияние върху комисията, подчертавайки, че винаги е подкрепяло независимостта на учените и тяхната работа.
Настоящият председател Драги Георгиев и историкът Петър Тодоров няма да бъдат част от комисията. Премиерът Християн Мицкоски критикува Драги Георгиев, че не е защитавал адекватно националните интереси, докато Тодоров сам заяви пред медиите, че ще напусне комисията след изтичане на мандата му през септември.
В интервю за изданието „Рацин.мк“ Тодоров сподели, че комисията е „добра инициатива, но за съжаление е завладяна от политически сили, които не желаят подобряване на отношенията и продължават да злоупотребяват с историята за политически цели“. Останалите членове на комисията включват Митко Панов, Димитър Лоровски, Никола Минов и Сашо Додевски, както и Бесник Емини от Института за духовно и културно наследство на албанците.
